Na ten rok Opera Nova zaplanowała trzy premiery. W kwietniu był to Wieczór baletowy, na który złożyły się cztery choreografie nowego szefa bydgoskiego zespołu Marka Zajączkowskiego. Premiera Czarodziejskiego fletu W. A. Mozarta, który znalazł się w programie XIII BFO, odbyła się w Holandii, publiczność Bydgoszczy obejrzała przedstawienie 2 maja. Festiwal otworzyło przedstawienie Nieszporów sycylijskich G. Verdiego, które przywiozła Státní Opera z Pragi. Tej wiosny Bydgoszcz gościła ponadto balet Teatru Wielkiego w Warszawie, Teatr Wielki z Poznania i Teatr Wielki z Łodzi, Operę Wrocławska oraz Teatr Baletu Borisa Ejfmana.

Uroczystości jubileuszu 50-lecia Opery otworzyła 21 października 2006 r. premiera Manru Ignacego Jana Paderewskiego w reżyserii Laco Adamika, pod muzycznym kierownictwem Macieja Figasa.